設立と目的
国民の健康志向の高まりを背景に、さまざまな食品が「健康食品」として流通する中で、過剰摂取等による消費者の健康被害の発生を防止する観点から、厚生労働省は平成17年2月1日付で「錠剤、カプセル状等食品の適正な製造に係る基本的考え方について」及び「錠剤、カプセル状等食品の原材料の安全性に関する自主点検ガイドライン」を公表しました。
消費者の健康被害の発生を防止する具体的方策として、平成20年7月4日付で厚生労働省より「健康食品」の安全性確保に関する検討会の報告書が公表され、（1）原材料の安全性の確保、（2）製造工程管理による安全性の確保、（3）（１）及び（２）の実効性の確保に留意し、より安全性が高い製品を消費者に供給することが必要であるとしました。
このような状況の中、原材料の安全性及び製造工程管理における安全性の確保の実施状況の検討において、第三者機関による安全性確保のための認証制度を設けることにより、より質の高い製品の普及や消費者の選択可能性の向上を図り、事業者がより安全性の高い製品を製造する技術力を強化する一助となることが期待されました。
第三者機関による認証制度を公平公正に機能させるために、学識経験者、弁護士、医師、薬剤師等の専門家、事業者、消費者等からなる認証協議会を組織し、同協議会が認証機関を指定し、認証機関の指導監督等を実施することが認証機関による適切な認証行為を担保することに繋がります。
平成21年7月3日厚生労働省支援を受け、健康食品の安全性確保に関する認証機関による認証制度（以下、「第三者認証制度」という。）を適正に管理運営する健康食品認証制度協議会が設立されました。
令和２年２月６日一般社団法人日本健康食品認証制度協議会（以下「協議会」という。）が設立され健康食品認証制度協議会（任意団体）は法人化を行いました。
協議会の定款及び協議会が別に定める認証機関指定基準（以下「指定基準」という。）等により、協議会が事業者の安全性自主点検、GMP工場、GMP製品を評価する第三者認証機関（以下「認証機関」という。）を指定するにあたり必要な事項を定めて、指定審査申請者及び指定更新審査申請者を審査・評価・認証・指定すること。協議会が認証機関の運営の指導監督を行い、認証機関の指定取消及び指定更新等を行うこと。及び協議会が「第三者認証制度」を適正に管理運営することを目的としています。